宽永十五年六月三日，酒井忠胜通过幕府的御用商人从本州筹集了大批军粮运抵岛原前线----这批粮食原本是走海路运输的，但在经过平户水道时，被济州舰队的淮丁十号侦查船发现，不得已后半段被迫走了陆路，所以抵达时间比预期时间晚了五天。

幕府讨伐军的士气因此略有恢复，随即重新展开了对原城方向的进攻，而原城方面的岛原-天草起义军因为之前的血战----“宽永大动乱”爆发后，发现当面幕府讨伐军数量瑞减岛原-天草起义军便萌生了打破幕府军封锁的念头，结果发起了几次莽撞的反击，但却始终没有能突破幕府军的封锁----损失了较多的兵力，因此再度面临幕府军疯狂进攻时，便显得有些力不能支了。

六月初六全天，幕府讨伐军实施了日夜不停的进攻，先后夺取城堡的两处出丸（独立棱堡），并三度攻入原城二丸，在自身失血严重的情况下，给起义军带去了不可挽回的巨大损失。

由于起义军的兵力已经下降到不足7000----根据花山京雄与天草时贞的约定，有不少于5000人的妇孺被淮甲船运走了----其中还有1500多妇孺，因此，原城的失陷已经不可挽回，无非是坚持多久而已，所以，经过尚且幸存的起义军领导人的讨论，天草时贞决定向福王府提出协助撤退的申请。

一天后，淮丙九号如期陪同淮甲三号训练船、淮甲十四号运输船出现在原城外海，船上指挥的宁虎听说天草时贞提出希望将岛原-天草起义军残部运往海外的请示，当即予以批准，于是，当天就运走了450名妇孺。

但天草时贞和宁虎都不知道，从马尼拉出发的联军已经北上8天了----原本应该是西历6月15日出发的，但因为种种原因拖延了13天，最终于农历五月三十当天出发----眼下已经到了距离那霸以南不足一天的位置上，最多还有11天就能抵达岛原

一线了······

而在黑龙江方面，在俞义、姜进勇的催促下，严德桓率学兵旅甲团、丙团于当年六月初四日，乘船返回了济州岛整补了，至于许昇焘率领的学兵旅乙团、丁团并旅直属工兵队、辎兵队、中军队及随同严德桓南返的旅直属炮兵队、夜不收队等部则于两天前上路，由水路自永宁寺启程前往玄城卫一线作战。