东林党与阉党之间的冲突，首先在熊廷弼的处置上爆发了。

根据天启二年四月的三法司会审，熊廷弼和王化贞都被判处了死刑，当时的解释是“若厚诛化贞而廷弼少及于宽政，不惟无以服天下万世之心，恐无以服杨镐、袁应泰之心矣”。

但问题是，这个判决下来后，天启帝当时没有批准，结果，各种幺蛾子便纷至沓来了。

首先，天启二年的六月，周朝瑞、惠世扬、萧基、赖良佐、侯震晹、刘弘化、熊德阳、江秉谦等东林党人立刻上疏弹劾兵部尚书张鹤鸣，称张鹤鸣支持王化贞、破坏熊廷弼三方布置策，属于同案犯，应该一起受罚。

接着，浙党成员、时任武英殿大学士的沈纮立刻出面弹劾时任刑部尚书的王纪，说什么王纪袒护熊廷弼，导致三法司会审结果没办法落实。

其实沈纮和王纪是老对头了，之前王纪就以沈纮阿附内宦，支持锦衣卫和内廷实施内操，跟蔡京没有两样，而弹劾沈纮，因此，沈纮现在这是择机报复，故意牵强附会，把天启帝没有做出决定，说成是东林党庇护熊廷弼。

天启帝显然很生气沈纮和王纪的互相攻讦，所以，让两人都回了老家，不过，熊廷弼的生死便成了东林党和其反对者角力的战场，却是不争的事实；尤其是首辅叶向高出于爱惜人才为由，决定重新进行三法司会审的决定，更是让这场角力变得火药味十足了。

天启二年十月，御史杨维垣弹劾熊廷弼在狱中和外人相见，又弹劾兵部员外郎顾大章受贿熊廷弼4万两白银以逃罪。

根据新任刑部尚书孙玮查明的事实显示，三法司会审熊廷弼时，只有顾大章以熊廷弼受到掣肘且熊廷弼有先见之言为由，建议判处王化贞死罪而熊廷弼戍守边疆，因此才有顾大章受贿熊廷弼4万两白银为熊廷弼脱罪说法，但这并非是事实，这份弹章纯粹是政治恶斗的结果，正所谓党同伐异。