孔有德心中早已经对大明朝十分不满，他发动兵变之后，便选择回军登州，在义兄耿仲明的帮助下打破登州，并且自号都元帅，原本他还想用力孙元华称王，可是孙元化忠于朝廷不愿意做这个王，孔有德便也没有为难孙元化，放他逃离了登州。

当然，这件事还没算完，孔有德攻下了登莱之后，还广招原来驻守在皮岛的部下陈友德等三千人加入到叛乱的当中，还全力攻打莱州城——可以说，东江镇上上下下都将当年朝廷杀死毛帅的怒火，都给痛痛快快发泄了出来。

严格来说，直到这个阶段孔有德还是没有投降清廷的想法，他更多还是只想为毛帅为东江镇的所有人，向朝廷讨一个公道。

等到崇祯五年的时候，孔有率领全军进攻莱州，但是却被山东巡抚徐从治和新任登莱巡抚谢琏拼死挡住，尽管城中到了弹尽粮绝的地步，尽管巡抚徐从治被叛军炮火击中身亡，可是莱州城依然没有被攻下。

在未能破城的情况下，明军各路援军也已经纷纷抵达，孔有德见情势不妙，只能撤回登州，并且同年被明军反而围在了登州城内。

直到崇祯六年，叛军主要将领李九成被明军炮火击毙，孔有德见无法继续坚守下去，便率领近万人叛军突围，登船从海面逃离，而后被驻守在旅顺的明军总兵黄龙伏击，大破其众，擒获了孔有德部将毛有顺、毛承福等人，只剩下孔有德和耿仲明等人辗转逃离道盖州，而后便上书投降了清廷。

得知孔有德归顺的消息后，皇太极自然是欣喜若狂，因为孔有德的到来，给后金补上了最后一块短板—―那就是大批的红夷大炮以及相关的火炮制造技术！

因此，为了表示对孔有德的重视，皇太极亲自率领诸贝勒出盛京十里相迎，并使用女真人最隆重的“抱见礼”相待，除此之外，依然让孔有德为都元帅，自成一军，名为“天佑军”，给与了大量的特殊优待。

等到崇祯九年大清立国之后，皇太极还册封孔有德为恭顺王，封尚可喜为智顺王、封耿仲明为怀顺王，三顺王由此成为了整个汉官群体的代表，地位远远高于范文程等人，因此三顺王也迅速归心，很快就加入到清廷进攻朝的战争中来，为其立下了许多功劳。

如今多铎率领大军重新入塞作战，为了进一步了解明军的火器力量，还专门将孔有德派了过来，只是他麾下的火炮军队目前还在路上。